醫(yī)保住院報銷流程為所有參保人，報銷流程為：參保農民在定點機構門診治療時持新農合證明，定點醫(yī)療機構根據(jù)參保人提供的醫(yī)保待遇直接減免醫(yī)療費用。新增農村合作醫(yī)療戶籍戶籍存在金額，超額部分由參保農民自行支付。定點醫(yī)療機構應當及時與農業(yè)醫(yī)療機構結算。
參合農民在市、縣、鄉(xiāng)定點醫(yī)療機構住院治療的，定點醫(yī)療機構直接給予補償。發(fā)生的醫(yī)療費用由定點醫(yī)療機構審核，并按照《實施辦法》規(guī)定的標準墊付補助金額。
凡在省級定點醫(yī)療機構和非定點醫(yī)療機構住院的參合農民，由鄉(xiāng)鎮(zhèn)農業(yè)醫(yī)療機構給予補償。一次住院醫(yī)療費用低于2000元(含2000元)的，由鄉(xiāng)(鎮(zhèn))農業(yè)醫(yī)院報銷。2000元以上或對住院資料有疑問的，經鄉(xiāng)(鎮(zhèn))農業(yè)醫(yī)院審核，報縣農業(yè)醫(yī)療局審批后報銷。
申領補償時，需帶身份證、戶口本、《新農合證》(此三證原件審核后復印存底)醫(yī)療機構的有效住院發(fā)票、出院小結(或病歷)、費用清單和轉診證明。
患門診大病(慢性病)的參合農民在規(guī)定時間(一般在每年7月和12月份)，需帶身份證、戶口本、《新農合證》、門診發(fā)票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫(yī)院或?？漆t(yī)院的門診大病(慢性病)證明到鄉(xiāng)(鎮(zhèn))農醫(yī)所辦理。
對已參加了商業(yè)保險的參合農民和參加了學生醫(yī)療保險的在校學生，出院后既要商業(yè)保險賠付又要新農合補償時，參合農民應先將住院發(fā)票原件和發(fā)票復印件先交農醫(yī)所或縣級定點醫(yī)療機構核對后予以補償，再將住院發(fā)票原件到商業(yè)保險公司賠付。發(fā)票復印件由農醫(yī)所或縣級定點醫(yī)療機構保存，但外傷病人只能原件報銷(學生除外)。
住院費用應當限期申報結算，出院后3個月內可以隨時辦理補償結算手續(xù)，超過3個月的，視為自行放棄補償(農民工可以延后至年底)。農醫(yī)所按實施辦法規(guī)定標準應補償?shù)慕痤~在10個工作日內支付給參合農民。